La UPE es la primera universidad privada en el interior del Paraguay. Empezó como Instituto Internacional de Enseñanza Superior (IIES). Las dos primeras carreras habilitadas fueron la de Dirección y Administración de Empresas, facultad de Ciencias Administrativas y Contables, y la carrera de Análisis de Sistemas, facultad de Ciencias de la Informática.
En 1993, la UPE crea la Facultad de Ciencias Jurídicas, Políticas y Sociales con la carrera de Derecho y Ciencias Sociales. En los sucesivos años, la Universidad Privada del Este creció sin pausa, acompañando el ágil crecimiento demográfico en la triple frontera, esta región fronteriza con el Brasil (Ciudad Foz de Iguazú) y la Argentina (Ciudad de Puerto Iguazú), que en las últimas 4 décadas ha tenido un crecimiento sorprendente.
Las siguientes carreras habilitadas fueron Ciencias Contables, Cooperativismo, Ciencias de la Educación, Arquitectura, Ingeniería en Informática, Ingeniería Comercial, Odontología, Ingeniería en Ciencias ambientales, Medicina, Nutrición, Fisioterapia, Enfermería, Ingeniería Electromecánica, Veterinaria, Administración Agropecuaria, entre otras.
Actualmente la UPE cuenta con 17 carreras de grado y 6 filiales: Ciudad del Este, Asunción, Hernandarias, Minga Guazú, Santa Rita y Fernando de la Mora y, la Sede Central en la Ciudad Presidente Franco.
Los esfuerzos institucionales de la UPE, en el campo de la educación superior, apuntan a los ámbitos cultural, científico, técnico, tecnológico, artístico y humanístico, teniendo como centro a la persona; en el marco de una proyección planificada y organizada, con fuerte inversión en infraestructura y tecnología.